Le lycée Berthollet offre des formations dans plusieurs types de CPGE scientifiques :
- MPSI : mathématiques - Physique - Sciences de l'ingénieur (avec une spécialité à choisir au deuxième semestre en science de l'ingénieur ou informatique)
- PCSI : Physique - Chimie - Sciences de l'ingénieur
- MP2I : Mathématiques - Physique - Ingénierie et informatique
En deuxième année, les étudiants ont plusieurs possibilités de poursuite d'étude :
- filière MP (avec une possibilité de poursuite en MP* pour préparer les concours les plus exigeants)
- Filière PC (avec une possibilité de poursuite en PC* pour préparer les concours les plus exigeants)
- Filière PSI (avec une possibilité de poursuite en PSI* pour préparer les concours les plus exigeants). Pour cette filière, les élèves qui vont poursuivre en PSI seront intégrés au lycée Vaugelas de Chambéry
- Filière MPI (avec un regroupement possible pour certains étudiants avec les étudiants de MP* pour préparer les concours les plus exigeants).
L'offre de formation proposée au lycée Berthollet est donc très riche et permet de poursuivre, quelle que soit la filière et le niveau de l'étudiant, en 2ème année.